Гибрид дельта-омикрона: ВОЗ подтвердила новый вариант
Помните, как мы все выдохнули, когда Омикрон, при всей его заразности, оказался не таким тяжелым, как Дельта? А теперь представьте, что эти два варианта решили объединить усилия. Звучит как сценарий фильма-катастрофы, правда? Встречайте: Делтакрон — гибрид, который официально признала Всемирная организация здравоохранения. И да, он реален.
Гибридные версии коронавируса, сочетающие гены вариантов Delta и Omicron — неофициальное название «Deltacron» — были выявлены по меньшей мере у 17 пациентов в США и Европе. До сих пор Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) считала, что Делтакрон был результатом загрязнения во время секвенирования. Недавно вирусологи из IHU Méditerranée Infection в Марселе подтвердили его существование. Таким образом, более чем через два месяца после его открытия ВОЗ также признала его рекомбинантным вирусом. Однако вирус спокойно циркулирует с января и, похоже, не слишком беспокоит специалистов. Для подтверждения первых наблюдений необходимы дальнейшие исследования.
С лета 2020 года разные варианты SARS-CoV-2 сменяли друг друга, словно игроки в музыкальных стульях. Иногда они даже заражали одного человека одновременно. А там, где есть два вируса в одной клетке, у них появляется шанс на «свидание» и обмен генами. Это и есть рекомбинация — процесс для коронавирусов вполне естественный.
Делтакрон, по-видимому, является вариантом SARS-CoV-2, содержащим элементы как Дельты, так и Омикрона. Другими словами, он содержит гены обоих вариантов, что делает его так называемым рекомбинантным вирусом.
Согласитесь, идея скрестить «убийственную» Дельту с «суперзаразным» Омикроном пугала даже ученых. Но когда в январе кипрские исследователи подняли шум, оказалось, что это была ложная тревога — банальное загрязнение образцов в лаборатории. Однако французские вирусологи из Марселя решили не полагаться на слухи и провели собственное расследование. И во вторник они выдали миру неопровержимые доказательства.
Команда Филиппа Колсона описала и подтвердила с помощью секвенирования генома трех пациентов во Франции, инфицированных версией SARS-CoV-2, в которой S-белок (spike) варианта Омикрон сочетается с «телом» варианта Дельта. Другие команды сообщили о 12 других инфекциях Делтакрона в Европе с января — все с S-белком Омикрон и телом Дельты. Колсон говорит: «Во время пандемии SARS-CoV-2 два или более варианта циркулировали в одни и те же периоды времени и в одних и тех же географических районах. Это создало возможности для рекомбинации между этими двумя вариантами».
Как же это работает? Представьте, что внутри зараженного человека — целый вирусный коктейль. Там есть и «чистые» варианты, и их «минорные» версии. Если два разных вируса встречаются в одной клетке, они могут обменяться кусочками своего генетического кода. Получившийся «микс» иногда оказывается удачнее своих «родителей» и начинает доминировать.
Так, в исследовании, опубликованном во вторник, 8 марта, в журнале The Journal of Clinical Investigation, приводятся данные о пяти испанских пациентах с COVID, полностью привитых от инфекций, связанных с вариантом Альфа — который охватил Великобританию в конце 2020 года — с признаками вариантов Дельта Плюс и Омикрон. Селия Пералес из Мадридского автономного университета и соавтор исследования объясняет: «Вирус, который реплицируется в организме каждого инфицированного пациента, на самом деле представляет собой смесь немного отличающихся вирусов SARS-CoV-2. Минорные варианты у одного инфицированного индивидуума могут стать доминирующими у другого, либо случайно, либо в результате селективного преимущества, связанного с наличием или отсутствием лекарств, вакцин или других факторов».
Интересно, что первым, кто предоставил убедительные доказательства существования гибрида, стал Институт Пастера во Франции. Во вторник, 8 марта, они загрузили в международную базу Gisaid полную геномную последовательность рекомбинанта AY.4/BA.1. Доктор Этьен Симон-Лориер из Института Пастера предупредил, что может существовать несколько различных рекомбинантных вирусов, образованных из Дельты и Омикрона.
Филипп Колсон добавил: «Вирус, который мы наблюдаем во Франции и Дании/Нидерландах, выглядит очень похоже и может быть тем же рекомбинантом (с теми же родительскими вирусами), который путешествовал. Но возможные рекомбинанты Дельта-Омикрон, о которых сообщалось в таких странах, как Великобритания и США, по-видимому, сочетают в себе различные части родительских вирусов и поэтому отличаются от Делтакрона, обнаруженного во Франции».
На данный момент в США и Европе было выявлено 17 подтвержденных случаев рекомбинантного вируса, в том числе три пациента во Франции, инфицированные этой гибридной версией SARS-CoV-2. Согласно неопубликованному отчету генетической исследовательской компании Helix, представленному medRxiv, в США были выявлены две другие инфекции рекомбинантным, но не связанным с делтакроном, вирусом. Статья должна быть рецензирована и проверена.
Пока таких случаев мало, и ученые еще не знают, насколько опасен новый гибрид. Обычный ПЦР-тест его не увидит — для этого французским вирусологам пришлось разработать специальную дуплексную ПЦР. Анализ структуры белка показал, что гибридный шип может даже лучше цепляться к клеткам. Но тут возникает логичный вопрос: если он лучше цепляется, почему мы не видим взрывного роста заболеваемости?
Поскольку в настоящее время выявлено лишь небольшое число случаев заболевания делтакроном, пока нет достаточных данных о тяжести этого варианта и о том, как вакцины защищают от него. Более того, обычные ПЦР-тесты не могут обнаружить этот гибрид. Поэтому в исследовании Филиппа Колсона и др. вирусологи разработали и применили дуплексную ПЦР, специфичную для гибридного варианта. Впоследствии структурный анализ рекомбинантного спайк белка позволил предположить, что его гибридное содержание может оптимизировать связывание вируса с мембраной клетки-хозяина. Другими словами, заражать людей будет легче. Эти результаты призывают к дальнейшим исследованиям вирусологических, эпидемиологических и клинических характеристик этого рекомбинанта.
Секрет, скорее всего, в нашей иммунной памяти. У большинства европейцев уже есть иммунитет к Омикрону (из-за массовой заболеваемости) и к Дельте (из-за вакцин). А так как «лицо» вируса — тот самый шип-белок — у Делтакрона от Омикрона, наша иммунная система узнает его в лицо и быстро дает отпор. Доктор Симон-Лориер успокаивает: организм реагирует на него так же, как на обычный Омикрон.
Однако в настоящее время европейское население имеет значительный иммунитет к вариантам Дельта и Омикрон, как благодаря вакцинации, так и из-за высокого уровня циркуляции варианта Омикрон в последние месяцы. Спайк-белок — самая важная часть вируса, когда речь идет о вторжении в клетки, и мишень для антител — происходит из Омикрон. Доктор Саймон-Лориер объясняет: «Поверхность вирусов очень похожа на поверхность Омикрон, поэтому организм распознает его так же, как и Омикрон. Поэтому на данный момент нет причин беспокоиться о появлении этого нового варианта».
Тем не менее Колсон предупреждает: «Мы должны следить за поведением этого рекомбинанта с точки зрения трансмиссивности и способности избежать иммунной защиты, вызванной вакциной. Это также свидетельствует о необходимости постоянного генетического наблюдения. Поскольку вирус продолжает циркулировать, особенно в недостаточно вакцинированных группах населения и среди людей с ослабленным иммунитетом, мы, скорее всего, увидим больше вариантов, включая те, которые возникли в результате рекомбинации.».
И вот тут самое тревожное. Пока ученые пытаются разглядеть новые гибриды в микроскоп, многие страны сворачивают тестирование. А это все равно что выключить свет в комнате, где ищешь иголку. Без тестирования мы слепнем: не видим, как вирус движется и меняется.
В нынешних условиях ВОЗ обеспокоена тем, что многие страны резко сокращают объемы тестирования, а также ограничительные меры. По сути, это препятствует возможности отслеживать вирус, то, как он распространяется и как развивается. Тестирование остается важным инструментом в борьбе с пандемией, являясь частью глобальной стратегии.
Поэтому угроза появления новых вариантов не вызывает сомнений. Как заявил несколько недель назад генеральный директор ВОЗ, риск появления новых, более трансмиссивных и смертельно опасных вариантов «очень реален». Следует отметить, что для обнаружения рекомбинации в вирусах были разработаны специализированные методы. Таким образом, исследования скорости рекомбинации SARS-CoV-2 позволят сравнить его с другими вирусами (РНК или нет), чтобы лучше понять вирус и предугадать, какие новые варианты или комбинации мутаций могут появиться.
